选用质量合格的微生物肥料质量低下、杂菌含量高或过期的产品不能施用。应选择有可靠技术背景和技术来源、质量性能稳定的菌肥。
创造适宜的土壤环境土壤过分干燥,应及时浇灌。大雨后要及时排除田间积水,改良土壤,合理耕作,提高土壤的通透性。
量体裁衣选择菌肥有些菌肥只含有根瘤菌,那就只能在豆科作物上应用。有的菌肥只含钾细菌(硅酸盐菌肥),对缺钾土壤和作物效果较好,但对氮、磷贡献就太小了,所以选择菌肥时要因种而异。