农作物会产生病虫害，多半是因为土壤状况不好，很多是由于滥用过量化肥农药导致，土壤难以分解作物所需的微量元素供作物吸收，土壤中大量的农药残留导致作物生长状况劣势。

　　连作会有土传病害，这些病菌能在土里能活1-2年，甚至更久，作物长得不好，跟土传病害关系特别大。

　　微生物菌肥的出现，能有效防治土传病害中的有害微生物，从根本上增强作物抗性。

　　有益微生物菌还会产生一些物质，“提醒”根系它的周围有危险，诱导植物产生活性物质抵抗有害病原菌。一方面把有害菌杀死了，另一方面还让植物自己提高抵抗力，增强其免疫能力，抑制土传病害。

　　在提高抵抗力的同时，微生物菌肥中的有益微生物菌能够分泌细胞分裂素等活性物质，有助于作物增根壮苗，增强作物生根能力，促进主根发达，形成庞大根系，提高对药害的耐受力。