特点一：土壤改良
目前土壤中的宿主微生物益生菌群已受到破坏，益生菌的减少造成土壤板结，肥力下降。微生物菌肥能促进土壤物质转化；改善土壤结构；提高土壤肥力；促使益生菌群增殖；促进作物生长。
特点二：农残降解
降解作物及土壤的农药残留，使农作物更好地生长。
特点三：增产
微生物肥料还可使其产生植物激素类物质，能刺激和调节作物生长，使植物生长健壮，营养状况得到改善。
特点四：提高产品品质
微生物肥料中的微生物菌可以提高农作物品质，从而提高作物的营养保健价值和经济价值。而且能延长其保鲜期, 减少存储运输的腐烂。
特点五：增强抗逆性
微生物肥料中部分菌种具有分泌抗菌素和多种活性酶的功能，能抑制或杀死致病真菌和细菌；同时它也有明显的抗旱、耐寒、抗倒伏、抗盐碱的效果，增强作物的抗病性，从而有效预防作物生理性病害的发生。
