在有机质匮乏的土壤中，微生物菌肥的作用是很强大的

　　（1）直接参与植物新陈代谢。

　　植物可以直接吸收简单糖类、氨基酸、腐殖酸等有机物，这些有机物直接参与到植物内部转化、代谢、合成等生物过程。

　　（2）提高矿物质元素有效性和肥料利用率。

　　腐殖酸中大量的有机酸类等，使土壤中难溶性矿物质养分转成可溶，有利于提高矿物质营养元素的有效性。

　　（3）提高作物抗性。

　　微生物菌肥中的有益微生物菌可调节植物细胞质浓度，降低冰点使植物抗寒，生物碱、酸类物质抵御或杀灭病原菌和有害昆虫，增强植物抗病虫能力。

　　（4）激活、增加土壤有益微生物。

　　微生物菌肥中的高效活性有益微生物菌不断激活繁殖，使土壤微生物种群和数量增加。为土壤提供了充足的营养。

　　（5）改善土壤理化性质。

　　微生物菌肥中的活性有机物和土壤矿物质形成有机胶体，促使土壤团粒结构形成，可全面改善土壤水、肥、气、热状况。

　　施用微生物菌肥，增加土壤生物菌量，活化土壤，增加土壤养分的利用效果。微生物菌肥可在植物微生物代谢循环中起催化作用，能促进土壤团粒结构的形成，改善土壤内部空隙空间，增加土壤生物活性，增强速效性养分的释放，有利于根系生长，提高植物的抗逆性。改良疏松土壤，提高土壤的透气性、保水性，增强根系的吸收能力，提高肥料利用率，从而降低化肥的施用量。

　　微生物菌的大量活动又激活了土壤活性，形成对土壤十分有利的良性循环。

　　随着微生物菌的增加，作物的抗逆能力也随之增强，同时把土壤中残留下来的无效磷、无效钾变为有效磷和有效钾，供作物吸收利用，这样可减少化学肥的用量，提高肥效，降低成本。