微生物菌肥使用前后，运输，存放和土壤环境直接影响微生物菌肥使用效果。所以在不适宜的（温度、光照、水分、氧气、PH等）环境中，会导致有益微生物菌的活性降低。

　　运输或存储时具体适宜的环境以及注意事项：

　　1.光照：微生物菌忌暴晒（因为它们是在土壤中生长的）。

　　2.温度：存储放置时，温度不能太高也不能太低，更不能忽高忽低

　　3.土壤：见干见湿的土壤湿度最为适宜，根据土壤情况施用菌肥，保证土壤适宜温度，土壤酸碱度也要注意，微生物菌肥当中的部分微生物菌，比如根瘤菌和固氮菌，土壤呈中性和微碱性都可以。