在化肥应用于农业生产之前，我国农业生产主要依靠农家肥和扩大耕地面积来促进作物增产。

　　化肥问世以后，由于其养分含量高，使用方便，从而使农业农民形成了偏施化学肥料的习惯，局部地区已造成土壤板结、质量退化，有机质含量不足，保水保肥透气性能下降，中低产田日渐扩大，江河湖泊水域富营养化，农产品硝酸盐含量超标。

　　偏施单质化肥，其危害还表现为：

　　1、单质化肥当季利用率低，并呈下降趋势。

　　2、长期单纯施用单质化肥，使土壤微生物被抑制，有机质含量逐年下降，化肥残留，造成土壤板结，透水性、透气性和吸光性变差，保肥能力降低。

　　3、单质化肥利用率低和易造成土壤板结的缺点，农产品中有害物质的残留，不仅给人类生存环境带来污染，而且直接危害人体健康。

　　4、单纯施用化肥，其增产效果已近极限，致使农业投入不断增加，加重了农民负担。

　　微生物菌肥可以配合化肥一起使用，平衡增加土壤养分含量，调节氮、磷、钾比例，大量释放土壤中难溶解的磷和钾。打破土壤板结，改良土壤理化性状。

　　同时因其固氮作用，减少了氮元素的流失，提高作物均衡的吸收养分的能力，促进作物光合作用，提高作物光合效率。促进作物根系生长，壮大，形成强大的根系系统。