1、微生物肥料：含有特定微生物活体的制品，应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，提高产量，改善农产品品质及农业生态环境。

　　2、微生物肥料包含农用微生物菌剂、复合微生物肥料、生物有机肥。

　　1.农用微生物菌剂：目标微生物（有效菌）经过工业化生产扩繁后加工制成的活菌制剂，它具有直接或间接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用；应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长、改善农产品品质及农业生态环境。

　　2.复合微生物肥料：目的为生物经工业化生产增殖后与营养物质复合而成的活菌制品。

　　3.生物有机肥：特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源，并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。

　　3、微生物菌剂与微生物菌肥的联系：

　　在国家标准制定中，微生物菌剂是微生物肥料中的一类，目前在微生物菌剂产品登记的菌种中，使用频率较大的前几位菌种分别为：枯草芽孢杆菌、胶冻样类芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌等，其中芽孢杆菌占75%。

　　目前在市场上推广时，微生物菌菌肥分类，剂型以液体为主，也有粉剂、颗粒型。

　　根据不同地区不同作物，微生物菌剂大多以几种方式使用，作底肥，耕地时均匀撒施；作追肥，作滴灌与冲施，改良土壤；作种肥，适量拌种，按常规育苗或播种方法使用。具体使用情况根据不同产品以及适用作物判定。