复合生物菌肥与其他肥料相比具有培肥土壤、改善产品品质等优势。

　　与化肥相比，复合生物菌肥具有多种生物菌， 长期使用可有效改良土壤，调控土壤及根际微生态平衡，提高作物抗病虫能力，提高产品质量。传统化肥长期施用会造成土壤板结、盐碱化严重、土壤营养不均衡。

　　与农家肥相比，复合生物菌肥的根本优势在于：复合生物菌肥中的功能菌对提高土壤肥力、促进作物生长具有特定功效，而农家肥属自然发酵生成，不具备优势功能菌的特效。

　　与只含一种的生物菌肥相比，复合生物菌肥包含多种功能菌，施入土壤后功能菌容易定殖并发挥作用； 而只含一种功能菌的菌肥可能不适应所有土壤环境，施用后无法存活或发挥作用。