混用有讲究：生物菌肥最好是与经过充分腐熟的有机肥混合使用，不易与化肥直接混合使用，尤其注意不能与含硫的化肥及草木灰混合使用，因为这样的肥料容易杀死菌肥里的有益菌。在对温室大棚里的土壤或蔬菜育苗用营养土消毒后，至少需要经过10—15天，才可以施用生物菌肥，切记不可施用生物菌肥后再进行土壤消毒。不应同时施用菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂。

　　对土壤有要求：生物菌肥的使用效果和土壤状况有关。土壤太旱或太湿都不利于生物菌肥繁殖，适宜的土壤湿度为60%左右。

　　阳光条件也重要：生物菌肥对阳光中的紫外线十分敏感，存放或使用时尽量避免强光直接照射，一般不采用地表撒施，可以在阴天或清晨、傍晚在土壤中施用。喷雾时只要在植物的叶片背面均匀喷施即可。