农家肥是指农民自行将粪便或农作物的秸秆等堆置而成的有机肥料。二者之间的区别是：

　　1、有益微生物的差异。

　　微生物肥料含有大量的有益微生物，其活动能够改善土壤的理化性状，抑制有害微生物的生长，促进作物生长；农家肥微生物的含量很少，有益微生物和有害微生物共存。

　　2、肥效差异。

　　微生物发酵时间短，腐熟彻底，养分损失少，相对来说肥效更快；农家肥露天长期堆置，养分尤其是氮素养分损失较多。

　　3、安全性差异。

　　微生物经过有益微生物作用，基本上消灭了禽畜粪便对作物有害的虫卵和病原菌；农家肥自然发酵，不受人为因素的控制，其中含有对农作物生长和人体有害的病原菌和害虫。

　　此外，微生物经过发酵，充分腐熟后施入土壤，不会造成作物烧根、烧苗；而农家肥腐熟不彻底，用量稍大就会出现烧苗、烧根，导致减产。