抗虫棉有效控制了棉铃虫危害，蕾铃脱落数量大大减少，生殖生长旺盛，结铃早而多，需肥高峰来得快而猛。若按传统施肥方法，往往不能满足其需求，致使其营养生长不良而发生早衰。加之抗虫棉因导入了抗虫基因，其抗病能力下降，易发生红叶茎枯病等病害，这也是引起其早衰的一个原因。而钾肥有增强棉花抗逆性的功能和防病效果。因此抗虫棉需要增施钾肥。若盲目增施氮、磷肥，忽视有机肥和钾肥的施用，不但会增加施肥成本，而且还往往导致棉花不是早衰就是晚熟，对产量和品质影响很大。增施有机肥、钾肥，减少氮、磷肥：亩施有机肥3000公斤左右、钾肥10-15公斤。由传统的亩施尿素25-30公斤、过磷酸钙50公斤，减至亩施尿素12公斤、过磷酸钙25公斤。将上述肥料，结合整地深施15厘米以下。

　　改变氮肥越多越好的习惯：氮肥的特点是施用后使叶色浓绿，给人以地力足、肥效好的感觉，这是氮肥主要侧重于茎叶生长而造成的，但过量施氮肥有许多坏处：第一，造成徒长，使蕾铃脱落，给管理增加难度。为了缓解，又需要购买缩节胺等激素进行化控，这是自相矛盾的做法，促进在前控制在后，自找麻烦，费工费时又费钱。第二，加重病虫害发生。研究结果表明，棉铃虫的大发生与大量施用氮肥成正比；棉花对枯黄萎病的抵抗力与施氮肥量成反比，这是因为枯黄萎病是由真菌侵染引起的，在环境条件优良的情况下（如晴天）光合作用强，吸收的氮及时被合成为蛋白质，棉花植被在低氮高碳状态下抵抗力较强不易被感染，即使被感染，也因病菌繁殖慢不易表现出病症，但在恶劣条件下光合作用弱，根系吸收大量的氮不能立即转化成蛋白质，使植物体处于高氮低碳的弱体质状态，此时的氮便被病菌利用而快速繁殖破坏棉花的传导组织，天气转晴，因体内水分供应不上，其他有关营养也供应不及时，便立即表现为病态。如果氮肥施用不过量，上述症状将明显减轻，这一结论可以从不施氮肥的地块看出很少发生枯黄萎病得以验证。因此，建议种棉花一定要合理施氮肥，切勿过量，如果不慎施入较多，应及时追施一定量的氯化钾并喷施含铁微肥予以调节，减轻枯黄萎病的发生。

　　改花铃肥一次集中施用为两次施用：花铃期是棉花一生中生长发育最旺盛、需肥最多的时期，需重施花铃肥。一般需亩施尿素25-30公斤、钾肥10公斤。针对抗虫棉开花结铃快而集中的特点，可将花铃肥的2/3施在初花期，剩余的1/3过15天左右再追施，这样既能满足棉花不断开花结铃的需要，又有效避免了棉株的徒长和早衰。

　　改盖顶肥土壤追施为叶面追施：棉花生长后期，根系的吸收能力下降，若养分不足，极易引起早衰，需施盖顶肥。叶面追施盖顶肥具有简便、见效快、效果好、省肥等优点，可比土壤追施节省2/3的肥料。