就土壤改良效果而言，商品有机肥要优于普通粪肥，这是因为商品有机肥的有机质含量要高，而且使用更加安全。按照国家对商品有机肥的登记标准（NY525-2011），商品有机肥中有机质含量≥45%，总养分（氮磷钾）≥5%，水分≤30%，酸碱度5.5-8.5，重金属要求是总砷≤15mg/kg、总铅≤50mg/kg、总汞≤2mg/kg、总铬≤150mg/kg、总镉≤3mg/kg。据了解，菜农使用商品有机肥后感觉不如粪肥有效果，这是因为使用的方法没有改变造成的。在这里提醒菜农，使用商品有机肥时要做好以下三点：

　　首先，底施要足量。

　　有些菜农感觉商品有机肥价格较贵，不如粪肥用量大。但在改良土壤时需要补充足够的有机质才能起到一定的效果。因商品有机肥已经过无害化处理，不会像粪肥那样产生烧根熏苗的情况。因此，使用商品有机肥时要使用足够的数量。底施商品有机肥建议每亩用量在2吨以上。

　　其次，穴施沟施要正确。

　　很多菜农的有机肥使用方式是穴施或沟施，需要注意的是要与植株根系保持一定的距离。在山东省寿光市古城街道发生过过这样的情况，有机肥沟施以后彩椒却定植在了有机肥的正上方，随着根系的下扎，根系遇到肥料集中的地方产生异常。当商品有机肥采取穴或沟施等集中施用的方式时，应与根系保持一定的距离。比如在两行蔬菜的中间沟施，也可在两棵植株间穴施。

　　再次，讲究与其它肥料配合。

　　商品有机肥的主要作用是改良土壤，维护土壤生态。里面含有的大中微量元素毕竟有限。在使用时一定要与其它类型的肥料相互配合使用，如普施、沟施时可以与生物菌肥混合施用（如商品有机肥+裕原康庄或裕原硅宝），也可以配合与复合肥或大量元素水溶肥施用等等。