微生物是组成土壤的三大主要部分之一，与植物根部的营养有着非常密切的联系。因为它们直接参与土壤结构、土壤物质与能量的转化等等。但有时土壤中的微生物数量不足，这就需要用微生物菌肥来进行改善和调和。

        微生物菌肥的功能特点决定了它的重要地位：1、微生物菌肥的使用大大降低了化肥的用量，微生物经过增值后能产生大量的固氮菌，大大减少了氮、磷、钾和其他微量元素的使用量，同时也有丰富的有益微生物菌可以改善土质，提高土肥力，减少化肥用量。2、明显的增产效果，提高20%--60%的产量，并且改善农作物品质。3、微生物菌肥中含有的微生物可以改良土壤结构，提供生长激素和抗生素，促进根系发达，提高免疫力、抵抗力，同时抑制土壤中原有的病菌，从而防止病虫害的发生。4、能促进植物生长发育，保证花果的质量，也有提高抗逆，抗倒伏、抗寒、抗旱的能力。5、三无一少：无毒、无害、无污染和减少温室气体排放。

        此外，在提高化肥利用率、绿色食品生产中和环保中等方面都有很重要的作用。