土壤真菌是指生活在土壤中菌体多呈分枝丝状菌丝体，少数菌丝不发达或缺乏菌丝的具真正细胞核的一类微生物。

       真菌适宜酸性（真菌对酸度的适应范围较宽，在pH<4时，细菌和放线菌不能生长的情况下，真菌却能生长）；好气性微生物；化能有机营养型 。真菌属异氧型微生物。土壤真菌的多少与土壤有机质含量密切相关。真菌是土壤中糖类、纤维类、果胶和木质素等含碳物质分解的积极参与者。 

土壤中分布较广的有青霉属、曲霉属、木霉属、镰刀菌属、毛霉属和根霉属。

       青霉属——生长在腐烂的水果、蔬菜、肉类和各种潮湿的有机物上。青霉菌丝体生长在植物的表面或深入物体内部。它由多细胞分枝很多的菌丝组成，细胞壁薄，内含一个或多个胞核。青霉菌可使许多农副产品腐烂，也有少数种类可使人或动物致病。它能分泌一种抗生素叫青霉素即盘尼西林。盘尼西林青霉素对葡萄球菌、肺炎球菌、淋球菌、破伤风杆菌等有高度杀伤力。 

       曲霉属——此属在自然界分布极广，是引起多种物质霉腐的主要微生物之一（如面包腐败、煤生物分解及皮革变质等）。其中以黄曲霉具有很强毒性。绿色和黑色的具有很强的酶活性，在食品发酵中广泛用于制酱、酿酒。现代发酵工业中用于生产葡萄糖氧化酶、糖化酶和蛋白酶等酶制剂。其他菌株有：黄曲霉/烟曲霉/灰绿曲霉/构巢曲霉/寄生曲霉/土曲霉等。