微生物肥料可增加农产品中有效营养成分,如面粉中的面筋含量、不同大豆中的油脂含量、蛋白质含量,蔬菜瓜果中的维生素、糖的含量。有关实验表明,微生物肥料不仅能使粮食作物增产10%左右,果菜类增产15%左右,而且还可以使产品外观有较大改善。