微生物肥料是一类活菌制品，要发挥它的效能必须注意以下5个方面。

1、微生物肥料的核心是制品中特定的有效的活微生物，必须保证有一定数量的有效活菌。

此外，还应有不同微生物特有的活性指标，目前有关活性指标尚在试验、探索之中，用什么样的指标，多大的数字量化需要研究、试验、验证。我国现行的由农业部颁布的微生物肥料标准对各种微生物肥料产品均规定了相应的最低的活菌含量。 

2、 要从生产到使用都要给产品中的有效微生物一个生存的合适环境。

水分含量、pH、温度、载体中残糖含量、包装材料等等，尤其是产品中杂菌含量应注意严格控制。产品中水分含量过高易滋生霉菌，过多的霉菌常可造成种子的霉烂，导致缺苗断垅。温度过高(如长时间在35℃以上)可致产品中有效微生物减少，杂菌增加。产品冰冻或反复冻融也是造成产品中有效微生物数量骤减的一个重要原因。 

3、 微生物肥料作为活菌制剂有一个有效期问题。

此类产品刚生产出来时活菌含量较高，随着保存时间和不当的运输、保存条件的变化，产品中的有效微生物数量逐步减少。当减少到一定数量时其有效作用显示不出来，我们通常认为的失效，就是这个意思。不同的微生物肥料的有效期是不同的。使用者一方面要注意在有效期内使用，另一方面注意维持微生物生命活动的必要条件。

4、注意适用作物和适用地区，是微生物肥料功能发挥的重要保证。

一个产品不可能适用于一切作物，适用于一切地区等等。我国国土面积大，土壤类型多，肥力状况差异极大。作物种类多，品种更迭快。一种微生物肥料是否适用于本地区，应该做规范的田间试验。

生产菌种的获得毕竟是从某一局部分离得到或有某种针对性筛选出来的，如从北京地区某处分离得到的菌种不见得既适应黑龙江省又适应海南省。我们提倡有针对性的选育生产菌种，例如针对碱性土壤、酸性土壤的菌种，或是针对某特定作物的菌种，当前在这方面差距比较大，要逐步往这方面发展。

5、 施用技术上的问题。

微生物肥料使用时一定注意勿使长时间暴露在阳光下，以免紫外线杀死肥料中的微生物。配伍禁忌是另一个必须注意的问题，有的产品不宜与化肥混施，尤其是一些与固氮有关的微生物肥料不宜与化学氮肥混施。杀菌剂(杀细菌制品)不能与各种微生物肥料混用，以免杀死其中的有效菌。